Мы решаем что-то подобное, возможность использовать setup.py, если вы являетесь простым пользователем без доступа к глобальным пакетам сайтов. Пока мы решили это с помощью virtualenv.
Я бы сказал, что это поможет и вашему делу: минимальная общесистемная установка (или явно исключающая ее), создайте виртуальную среду с яйцами, которые вы хотите, и проверите там.
(Или, для тестов интеграции, создать чистую среду, установить яйцо и проверить, все зависимости установлены).
Для 2 я не уверен, но он тоже должен работать с несколькими virtualenvs. Для 3, setup.py develop - путь.