Включение необходимых DLL в проект Windows решает проблему?

Предполагая, что вы имеете в виду библиотеки MSVC (Microsoft Visual C ++), правильное решение - использовать манифест приложения. DLL-файлы MSVC поддерживают установку Side-by-Side (SxS). Это означает, что новая версия этих DLL не заменяет старую версию. Ваш манифест приложения сообщает Windows, какая версия (-ы) DLL вам нужна.

Я не знаю о MVC специально, но у вас есть большая проблема, если конфликтующая версия dll зависимости установлена ??в GAC на вашей целевой машине, так как она будет использоваться в предпочтении локальному файлу.

В зависимости от того, насколько большой будет ваш конечный продукт, подумайте о статической привязке вашей программы. Это предотвратит страшный DLL-ад, поскольку вам не придется давать DLL.