Как читать файл csv как dtype datetime64?

Вы можете использовать параметр date_parserв read_csv:

import sys
if sys.version_info.major<3:
    from StringIO import StringIO
else:
    from io import StringIO
import pandas as pd

temp=u"""date
201605
201606
201607
201608"""

dateparser = lambda x: pd.datetime.strptime(x, '%Y%m')

#after testing replace io.StringIO(temp) to filename
df = pd.read_csv(StringIO(temp), parse_dates=[0], date_parser=dateparser)

print (df)
        date
0 2016-05-01
1 2016-06-01
2 2016-07-01
3 2016-08-01
print (df.dtypes)
date    datetime64[ns]
dtype: object

Возможно, этот ответ поможет вам преобразовать ваш столбец в объект datetime. Https://stackoverflow.com/a/26763793/5982925