Создайте один класс с именем Startup, это поможет вам.
<add key="owin:AppStartup" value="[NameSpace].Startup" />В дополнение к этому, если ваш класс запуска каким-то образом не находится в вашем пространстве имен по умолчанию, добавьте строку веб-конфигурации в область, например: A±
Здесь больше объяснений.