Первое, что вы сделали относительно того же сервера, на котором размещен сайт, поддерживающий XML-RPC, довольно странно, поскольку XML-RPC включен во время компиляции. В файле php.ini нет директив, поэтому вы не можете включить XML-RPC во время выполнения ini_set(). Это будет указывать либо на другой сервер, либо на несколько экземпляров PHP, работающих на одном сервере.
В любом случае вам нужно включить это расширение во время компиляции, что не в ваших руках. Поэтому вам нужно будет связаться с кем-то в GoDaddy, чтобы заставить это работать.
Альтернативой этому было бы посмотреть на что-то вроде Zend_XmlRpc, которое хорошо поддерживается и не требует расширения PHP XML-RPC.
Удачи.