Нет, папка проекта сама по себе не находится в пути к классам - выходные папки проекта (обычно одна вложенная папка с именем bin или classes).
Если вы поместите свои log4j.properties в исходную папку вашего проекта вместо своей корневой папки, тогда все должно работать (исходные файлы в исходной папке автоматически копируются в папку вывода).
В общем, вам не нужно будет путаться с путями классов маршрутов запуска - в большинстве случаев более целесообразно изменить (или, как в вашем случае, правильно использовать) путь сборки в свойствах проекта.