Если вы используете таблицы innodb, я рекомендую настроить размер пула буферов, например, S.Lott, предложенный выше. Сделайте 110% или около того вашего размера базы данных, если у вас есть баран.
Если ваша база данных> 50mb, вы также захотите посмотреть на увеличение innodb_log_file_size. См. Http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/innodb-parameters.html#sysvar_innodb_log_file_size. Возможно, около 25-50% от размера вашего пула буферов, но 1 гб макс.
Файл innodb_log_file_size немного сложнее настроить. Вам нужно закрыть db down, переместить текущие файлы журналов в резервную папку и позволить mysql воссоздать их при перезапуске (т. Е. После изменения значений в my.cnf). Google это, и вы найдете ответы.