Мы широко используем репликацию в нашей компании, поскольку у нас есть 38 складов в нескольких странах, которые все реплицируются на наш основной сервер в Лондоне.
Во-первых, ваши фильтры репликации должны использовать Views, даже простые. Таким образом, если вам нужно настроить фильтр (прочитайте предложение WHERE), вам просто нужно изменить представление и ваше действие. В противном случае вам придется повторно опубликовать свои данные и повторно подписаться на всех, что может стать настоящей болью.
Вы упомянули, что вы выполняете одно и то же удаление как у подписчика, так и у издателя, чтобы синхронизировать их. Это отдает дрожь по моему позвоночнику. Вам гораздо лучше удалять их в одном месте и позволять серверу копировать подписчикам сделанные изменения. Начиная с SQL Server 2005, репликация выполняется очень быстро и эффективно. SQL 2000 был и довольно медленный для репликации. Если вы используете SQL 2005/2008, просто убедитесь, что ваш уровень совместимости (правый щелчок на db, свойства, параметры) установлен на 90 (2005) или 100 (2008). Это переключает сервер sql на быстрые и эффективные методы репликации.
Другой способ - не удалять данные, а хранить их и отфильтровывать, используя предложение where в публикации.