В документации jQuery есть статья о том, как сделать игру jQuery приятной с другими библиотеками.
Это один из предложенных способов из этой статьи:
<html>
<head>
<script src="prototype.js"></script>
<script src="jquery.js"></script>
<script>
jQuery.noConflict();
// Put all your code in your document ready area
jQuery(document).ready(function($){
// Do jQuery stuff using $
$("div").hide();
});
// Use Prototype with $(...), etc.
$('someid').hide();
</script>
</head>
<body></body>
</html>