Если я правильно напомню, что интерфейс оставит около 20% увеличенного пространства, запустив DBCC SHRINKDATABASE без каких-либо параметров, он скроет его как можно меньше.
У меня нет диспетчера Enterprise, чтобы проверить настройки по умолчанию. Но вы должны заметить меньший файл базы данных с ручным запуском, чем с графическим интерфейсом, поэтому разница во времени