Удаление RealmObject из RealmList

Как и любой список, на самом деле.

realm.executeTransaction(new Realm.Transaction() {
    B b = realm.where(B.class).equalTo(BFields.ID, bId).findFirst();
    Iterator<A> iterator = b.getRealmList().iterator();
    while(iterator.hasNext()) {
        A a = iterator.next();
        if(a.getId().equals(idToDelete)) {
            iterator.remove(); // removes from realm list, but not from Realm
            break;
        }
    }
});

---

Но я думаю, что если вы переопределяете hashCode()и equals()работаете на основе первичного ключа, то это также должно работать надежно remove(Object object).