Вы можете использовать BeginRequest внутри global.asax для достижения того, что вы спрашиваете:
protected void Application_BeginRequest(object sender, EventArgs e)
{
Response.Write("<script type='text/javascript'>alert('do something');</script>");
}
Лично я бы предложил рефакторинг сайта для использования masterpages или общего js-файла, но я думаю, что это деловое решение, чтобы обойти его :)
ура