Обновить:
Переименовав .dacpac как .zip и извлекая файл model.xml, я мог видеть, что <HeaderContents>
некоторые из процедур были 

(LF - символ линии) в них.
Это заставило меня понять, что по некоторым причинам все мои .SQL-файлы имели окончание строк Unix (LF), а не окончания строк Windows (CR LF). Преобразование всех файлов в конец оконной строки ( с помощью notepad ++ ) решило проблему.
Оригинал:
Хорошо, похоже, что большинство из них связано с строковыми константами в скриптах, содержащих новые строковые символы. Замена их с помощью определенных вручную символов означает, что они больше не собираются для перераспределения. т.е.
SET @doesnt_work =
'FOO
BAR'
можно заменить на
SET @works = 'FOO' + CHAR(13) + CHAR(10) + 'BAR'
Примечание. Это скорее обходное решение, чем решение, и, надеюсь, кто-то может предложить лучший способ сделать это ...