Хорошо $company->employeesвозвращает коллекцию, ->idне является свойством в коллекции, вот почему вы получаете ошибку.
Если вы хотите получить массив, содержащий все идентификаторы ваших сотрудников, вы можете сделать это:
$company->employees()->lists('id');
Если вы читаете это и используете laravel, ^5.3.*тогда ответ будет следующим:
$company->employees()->pluck('id');
Это вернет коллекцию со всеми идентификаторами, если вы хотите, чтобы это был массив, который вы можете связать ->toArray()позади него.