В этом случае простым способом является добавление or
проверки состояния, если параметр равен null, поэтому в этом случае он вернет true, и все строки будут извлечены.
@Query("select paquete from Paquete paquete where paquete.empresa.id =:empresaId or :empresaId is null")
Если есть более динамические условия, вы можете взглянуть на Query By Example, который позволяет создавать динамические запросы.