Vis JS объединяет значения объектов, таким образом, только добавляя / изменяя новые значения, но не удаляя существующие. Я закончил с логикой remove / insert. В вашем случае я бы сделал:
let nodes = new vis.DataSet([
{id: 1, label: 'Item 1', group: "special"},
{id: 2, label: 'Item 2'},
}
let nodeId = 1;
let propertyToRemove = 'group';
// get a node
let node = nodes.get(nodeId);
// remove property
delete node[propertyToRemove];
// get positions (only for nodes with x and y coordinates)
// only if x and y are not present on original node
let coordinates = vis.Network.getPositions([nodeId])[nodeId];
// copy coordinates
node = Object.assign(node, coordinates);
// remove node
nodes.remove(nodeId);
// add cloned node
nodes.add(node);
вы можете написать этот код как функцию vis.DataSet.prototype
для удобства