У меня такая же проблема. Я пробовал немало вещей, но единственное, что я смог добиться, - это отключить функцию автоматической синхронизации и удалить ссылку на jquery UI. Intellisense также, кажется, замедляет хороший бит со все большим количеством библиотек, почти до такой степени, что похоже, что он не работает. Я, наконец, только дошел до того, что я включаю только свои собственные скрипты и jquery для полезных напоминаний о синтаксисе. К сожалению, это означает, что я должен вручную обновлять файл _references.js, но это определенно лучше, чем вообще не работает.
Вы также можете ограничить свои глобальные ссылки в файле _references и перетащить файлы сценариев, которые вы хотите intellisense для каждого представления, если вы похожи на меня, где у вас есть файл сценария для каждого представления. Таким образом, вы не получите intellisense для скриптов, которые даже не отображаются в представлении.