Вам необходимо выполнить запросы для SQL-запросов в базу данных; в этом случае вы захотите использовать executeUpdate () и получить измененный счетчик строк, чтобы убедиться, что что-то было удалено или нет.
em.getTransaction().begin();
Query query = em.createQuery("Delete from Customer c where c.id = :id");
query.setParameter("id", id);
int rows = query.executeUpdate();
em.getTransaction().commit();