Чтобы «jQuery» доступен глобально в браузере, вам необходимо прикрепить его к объекту Windows.
Это работает для меня:
import * as $ from "jquery";
(<any>window).jQuery = $
import "bootstrap";
См. Этот ответ: Объявить глобальную переменную Writecript как тип «module»