Модуль _winreg, как говорят документы , существует, чтобы «открыть API реестра Windows для Python».
App Engine не предоставляет «API реестра Windows» (или любой другой API, специфичный для Windows). Поэтому его песочница блокирует попытку sandbox.pyмодуля - обратите внимание, в конце трассировки стека, что исключение намеренно поднимается в модуле _winregSDK App Engine.
«Виртуальный env» от Python не играет здесь никакой роли - все дело в App Engine.
Просьба уточнить, с какой задачей вы пытаетесь справиться с _winregразвертыванием приложения GAE - предположите, что оно развернуто на серверах Linux (хотя время выполнения GAE не предоставляет Linux-специфические API :-), поэтому нет интерфейса реестра Windows где-нибудь по соседству ...