Причиной ошибки было следующее: я пытался инициализировать граф Cytoscape до того, как страница была загружена, поэтому Cytoscape не смог найти ни одного #cy
div внутри HTML.
Решение состояло только в том, чтобы обернуть инициализацию в функцию и вызвать эту функцию после загрузки страницы (с <body onload="setupMyGraph();"> ... </body>
).