Это известный вопрос, который обсуждается здесь:
PRB: меню для значков уведомлений не работают правильно
Вам необходимо завернуть вызов Popup()следующим образом:
SetForegroundWindow(Handle);
PopupMenu1.Popup(pnt.X, yy);
PostMessage(Handle, WM_NULL, 0, 0);
В этом коде Handleнаходится дескриптор окна формы, связанный с значком уведомления.