Проблема была устранена после исправления конфигурации используемого реестра. Я использовал реестр LDAP и упомянул тип сервера LDAP как Tivoli. Это привело к тому, что проблема в классе Subject возвращалась из LDAP, не соответствующей ожидаемому классу в Liberty. Как только я изменил тип сервиса LDAP на Custom, эта ошибка была решена. Ниже приведен тег для реестра LDAP, который я использовал в server.xml
<ldapRegistry baseDN="ou=xxxxxxxx,o=xxxxxx" host="xxxxxxxxxxxxxxx" id="xxxxxxxxxxx" ldapType="Custom" port="636" realm="xx" recursiveSearch="true" sslEnabled="true" sslRef="sslrepo1">
<customFilters userFilter="(&(mail=%v)(objectclass=ePerson))" userIdMap="*:mail"/>
</ldapRegistry>