Любые git-крючки будут выполняться по умолчанию в сеансе bash, а не в CMD-сеансе.
В Windows встроенный bash для Git для Windows интерпретирует скрипт hook.
Поэтому попробуйте переписать свой крючок в bash:
#!/bin/bash
f=$(git status | grep "AssemblyInfo.cs")
if [[ "${f}" != "" ]]; then
echo "nice"
exit 0
else
echo "darn it"
exit 1
fi