У меня есть многокадровый TIF-файл, который регистрирует интенсивность флуоресценции нейронов со временем. Файл TIF имеет 80 x 60 пикселей и 2000 кадров.
Я хотел бы проанализировать частоту изменений интенсивности флуоресценции для каждого пикселя, и для этого мне нужно будет определить частоту дискретизации кадров. Прямо сейчас у меня есть 3D-массив с координатами (x, y) пикселей для каждого кадра и количеством кадров в проекции оси z. Я преобразовал многокадровый TIF-файл в массив 3D numpy со следующим скриптом.
from PIL import Image
import numpy as np
img = Image.open('C:/Users/Desktop/demoMovie.tif')
images = []
for i in range(2000):
try:
img.seek(i)
slice_ = np.zeros((80, 60))
for j in range(slice_.shape[0]):
for k in range(slice_.shape[1]):
slice_[j,k] = img.getpixel((j, k))
images.append(slice_)
except EOFError:
# Not enough frames in img
break
return np.array(images)
Есть ли способ преобразования числа кадров (ось z) во времени, которые соответствуют частоте частоты кадров, чтобы я мог анализировать частоту интенсивности флуоресценции для каждого пикселя?
Большое спасибо за Вашу помощь.
python,tiff,frames,frequency-analysis,numpy-ndarray,
У меня есть многокадровый TIF-файл, который регистрирует интенсивность флуоресценции нейронов со временем. Файл TIF имеет 80 x 60 пикселей и 2000 кадров.
Я хотел бы проанализировать частоту изменений интенсивности флуоресценции для каждого пикселя, и для этого мне нужно будет определить частоту дискретизации кадров. Прямо сейчас у меня есть 3D-массив с координатами (x, y) пикселей для каждого кадра и количеством кадров в проекции оси z. Я преобразовал многокадровый TIF-файл в массив 3D numpy со следующим скриптом.
from PIL import Image
import numpy as np
img = Image.open('C:/Users/Desktop/demoMovie.tif')
images = []
for i in range(2000):
try:
img.seek(i)
slice_ = np.zeros((80, 60))
for j in range(slice_.shape[0]):
for k in range(slice_.shape[1]):
slice_[j,k] = img.getpixel((j, k))
images.append(slice_)
except EOFError:
# Not enough frames in img
break
return np.array(images)
Есть ли способ преобразования числа кадров (ось z) во времени, которые соответствуют частоте частоты кадров, чтобы я мог анализировать частоту интенсивности флуоресценции для каждого пикселя?
Большое спасибо за Вашу помощь.
01Python, TIFF, кадры, частотно-анализ, NumPy-ndarray,