Возможно ли, что worksheet.Application.ActiveWindow
это не окно, которое содержит ваш активный рабочий лист? В предыдущих версиях Excel все книги имели одно и то же окно, но поскольку Microsoft потеряла MDI для Excel, у вас могут появиться два разных окна с использованием того же кода, что и раньше. Смешивание этих окон может привести к проблеме, с которой вы сталкиваетесь.
См. Эту ссылку для некоторых изменений, начиная с Excel 2013: https://msdn.microsoft.com/en-us/library/office/dn251093.aspx
Еще одна вещь, которую вы можете попробовать - это установить состояние окна в нормальное состояние, прежде чем вызывать FreezePane:
Worksheet.Application.ActiveWindow.WindowState = Microsoft.Office.Interop.Excel.XlWindowState.xlNormal;
И еще одна возможность заключается в том, что на самом деле это ошибка в Excel. Я нашел кого-то другого, у которого была такая же проблема, но неясно, решил ли этот человек проблему или заполнил отчет об ошибке:
https://social.msdn.microsoft.com/Forums/office/en-US/7e6ff1ed-b4c6-4c75-82be-14175f44df55/freezepanes-throws-an-exception-when-excel-is-minimized?forum=exceldev
Вы можете отправить отчет об ошибке в Microsoft и дождаться, смогут ли они подтвердить это как ошибку.