Если вы хотите добавить значения в список, вам нужно будет хранить и манипулировать массивом вместо объекта.
С ES6 самый простой способ сделать это - с помощью оператора распространения:
newData = [...oldData, newItem]
Я немного переработал ваш код.
module.exports = (ctx, cb) => {
ctx.storage.get((error, data) => {
if (error) return cb(error)
if (Object.keys(ctx.query).length === 0) {
cb(null, data)
} else {
const newData = [...data, ctx.query]
ctx.storage.set(newData, error => {
if (error) return cb(error)
cb(null, { "message": "success" , "color": ctx.query.color })
})
}
})
}