Если ваш проект не слишком сложный, лучше использовать один файл css. Специально в вашем случае я предлагаю использовать один файл css, поскольку вы собираетесь использовать верхний и нижний колонтитулы, только секция контейнера тела будет изменяться для каждой страницы.