Вам необходимо переопределить местоположение по умолчанию файла version.sbt в каждом файле build.sbt вашего подмодуля:
import ReleaseKeys._
organization := "com.organization"
name := "moduleName"
version := (version in ThisBuild).value
scalaVersion := "2.11.6"
releaseSettings
versionFile := file(name.value + "/version.sbt")
По умолчанию версия.sbt находится в папке ROOT по sbt-release.