Ответ на исходный вопрос:
Вы забыли добавить панель навигации в свой графический интерфейс. Например, для PyQt
matplotlib.backends.backend_qt5agg.NavigationToolbar2QT
или для Tk
matplotlib.backends.backend_tkagg.NavigationToolbar2Tk
и т. д. Вы можете ссылаться на примеры на странице matplotlib для всех возможных графических интерфейсов.
Способ добавления панели навигации зависит от используемого GUI, что является секретом в вопросе, но вы узнаете из соответствующего примера.
Ответ на редактируемый вопрос:
Вы добавляете панель навигации в окно, а не в StackedLayout. Поэтому вместо того self.addToolBar(Qt.BottomToolBarArea, NavToolbar(self.canvas, self))
, чтобы добавить его в используемый макет,
self.dropdown_vbox_layout.addWidget(NavToolbar(self.canvas, self))