Согласно моему комментарию, вам нужно установить переменные правильно.
set "say=echo"
set "clear=cls"
set "#screen=@echo off"
Затем, вызывая команды, вам нужно использовать обработчик переменной, %но вы не можете позвонить, #screenпоскольку он еще не существует до цикла.
for /f "delims=" %%a in (config.ini) do %%a
%clear%
%#screen%
%say% hello
pause