Это просто ошибка в log4net?
Если то, что я думаю, происходит правильно, тогда это документированное поведение.
См. Https://logging.apache.org/log4net/release/faq.html#first-log
Если вы настраиваете log4net, указав атрибуты уровня сборки на своей сборке, тогда конфигурация будет загружена после первого вызова LogManager.GetLogger. Необходимо, чтобы первый вызов LogManager.GetLogger, выполненный во время процесса (или AppDomain), был сделан из сборки, которая имеет атрибуты конфигурации. Log4net будет выглядеть только один раз и только на первой вызывающей сборке для атрибутов конфигурации.
Я подозреваю, что это связано с тем, что FooOtherTest зависит от FooA и поэтому сначала будет загружаться dll, и, следовательно, регистратор будет инициализирован из этой DLL и не найдет конфигурацию, которая находится в тестовом проекте.
Вам нужно попытаться убедиться, что первое ведение журнала происходит в сборке с правильными атрибутами и где можно найти файл конфигурации.
См. Также Инициализировать log4Net как можно раньше с помощью NUnit (речь идет о NUnit, но большинство тестовых систем имеют нечто похожее)